Определить падеж существительного

Добрый день! Подскажите, пожалуйста, в каком падеже стоит слово «медведь» в словосочетании «боится медведя»?

А какому падежу соответствует вопрос, который ставится к этому слову?

Учитель объясняет так: так как слово «медведя» мужского рода, то надо проверить словом женского рода, например, лиса. Боится (кого?) лису. Окончание -у соответствует Винительному падежу

Обычно если зависимое слово является одушевлённым именем и отрицания нет, то падеж винительный.
Проверить по окончанию – хорошая идея. Надёжнее выбрать на замену однокоренное имя, «медведицу».

А как же боится (чего?) дождя, грозы. То есть одушевленные имена в винительном, а неодушевленные в родительном падеже?

Очень часто так, как написали, зависит от одушевлённости. Но не всегда – имеется около дюжины исключений, про все тут не рассказать.

Где можно прочитать про это правило и про исключения?

Наверное, более полно эта тема раскрыта здесь:
https://mogu-pisat.ru/spravochnik/?wiki_name=Управление.%20Выбор%20падежа