Собака боится всего

Большая машина возле подъезда. Другие щенки лают, сразу убегает. А подойти к дороге, где едет общественный транспорт, просто невозможно, удержать на поводке тяжело (5,5 месяцев. Вес 16 кг, прет как танк), если слышит громкий звук, не слышит ни одну команду

Было бы странно, что щенок в 5.5 месяцев на сильных раздражителях слышит команды.
Судя по описанию, у щенка пропущен период социализации (сидел дома на карантине, жил за городом или что-то подобное). Поэтому он просто не в курсе, что такое машины и как на них правильно реагировать. А возраст безрассудного любопытства уже прошел. Теперь только разгуливать через сопротивление собаки. Берите с собой лакомства и гуляйте-гуляйте-гуляйте. Постепенно привыкнет.

На карантине не сидели вообще. С другими собаками играет. Но если на нее рычит другая собака ( пусть даже это мелочь которая в 2 раза меньше нее) она сразу убегает.

Стиль общения с собаками зависит от возраста, в котором щенка изъяли от мамы.
Если боится конкретно машин, то либо щенка напугала машина, либо он попал к машинам в возрасте, когда ему уже не любопытно, а страшно, т.е. после ~3-3.5 месяцев. Рецепт все тот же — гулять-гулять-гулять.

Мы нашли ее в камышах, возраст как сказал ветеринар был 6 недель. Нашу машину очень любит, ездит с удовольствием. Но почему она поджимает хвост и убегает если на нее рычит другая соьака?

Для животных есть разница в размере и количестве машин.
Мама не успела научить щенка правильно общаться с собаками. Сейчас ему нужно общаться с собаками как можно больше, потому что к девяти-десяти месяцам реакция побега с большой долей вероятности перейдет в агрессию на собак.

Лабрадор, сука, 2 года. Выводит на прогулку и попис строго по времени — 6.50, 13.00, 16.00, 19.00, 21.00. Но все равно 1-2 раза в неделю может и пописать и покакать дома ночью(((( Стрессовых ситуаций не было, режим питания не менялся. Что делать???? Учитывая, что где-то с года до полутора лет не было вообще промахов.